R または ArcGIS のポリゴン シェープファイルの"孤立した穴"を処理するにはどうすればよいですか?



overlay polygon (1)

私はover関数(rgeos)を使って2つのポリゴン( "grd"と "range")の間に空間的オーバーレイを作成しようとしています。

このコードは1つを除くすべてのファイルに適用されます。

range.grd.overlay <- grd[!is.na(over(grd, range)), ]@data$grdID # get gridcells that overlap with range

このエラーメッセージが表示されます。

Error in createPolygonsComment(p) : 
  rgeos_PolyCreateComment: orphaned hole, cannot find containing polygon for hole at index 9

私はシェープファイルのどこかに周囲のポリゴンのない穴があることを理解していますが、その回避方法を理解することはできません。 インデックス9の穴を削除するだけでいいですか? どうやって ? ArcGISのシェープファイルを修正するソリューションがあれば、それは私にとってもうまくいくでしょう。

あなたの助けをあらかじめ多くありがとう!

よろしく、Carsten


Answer #1

grdrange両方は、 SpatialPolygonsDataFrameクラスのものSpatialPolygonsDataFrame

rangeは次のような構造を持っています:

> str(range)
Formal class 'SpatialPolygonsDataFrame' [package "sp"] with 5 slots
  ..@ data       :'data.frame': 3 obs. of  17 variables:
  .. ..$ OBJECTID  : int [1:3] 725 726 727
  .. ..$ SPCRECID  : int [1:3] 3313 3313 3313
  .. ..$ DATE_     : Factor w/ 1 level "19/10/2009": 1 1 1
  .. ..$ SCINAME   : Factor w/ 1 level "Synthliboramphus antiquus": 1 1 1
  .. ..$ SOURCE    : Factor w/ 1 level "Gaston & Jones, 1998; Brazil, 2009": 1 1 1
  .. ..$ PRESENCE  : int [1:3] 1 1 1
  .. ..$ ORIGIN    : int [1:3] 1 1 1
  .. ..$ SEASONAL  : int [1:3] 2 1 3
  .. ..$ DATA_SENS : Factor w/ 0 levels: NA NA NA
  .. ..$ SENS_COMM : Factor w/ 0 levels: NA NA NA
  .. ..$ COMPILER  : Factor w/ 1 level "Philip Taylor (BirdLife International)": 1 1 1
  .. ..$ TAX_COM   : Factor w/ 0 levels: NA NA NA
  .. ..$ DIST_COM  : Factor w/ 0 levels: NA NA NA
  .. ..$ REVIEWERS : Factor w/ 0 levels: NA NA NA
  .. ..$ CITATION  : Factor w/ 1 level "BirdLife International and Natureserve (2011) Bird species distribution maps of the world.": 1 1 1
  .. ..$ SHAPE_Leng: num [1:3] 190 209 1240
  .. ..$ SHAPE_Area: num [1:3] 39 16.6 600.8
  .. ..- attr(*, "data_types")= chr [1:17] "N" "N" "C" "C" ...
  ..@ polygons   :List of 3
  .. ..$ :Formal class 'Polygons' [package "sp"] with 5 slots
  .. .. .. ..@ Polygons :List of 138
  .. .. .. .. ..$ :Formal class 'Polygon' [package "sp"] with 5 slots
  .. .. .. .. .. .. ..@ labpt  : num [1:2] 178.6 51.8
  .. .. .. .. .. .. ..@ area   : num 4.58
  .. .. .. .. .. .. ..@ hole   : logi FALSE
  .. .. .. .. .. .. ..@ ringDir: int 1
  .. .. .. .. .. .. ..@ coords : num [1:49, 1:2] 180 180 179 179 179 ...
  .. .. .. .. ..$ :Formal class 'Polygon' [package "sp"] with 5 slots
  .. .. .. .. .. .. ..@ labpt  : num [1:2] -172.2 52.6

... 等々。

grdは次のような構造をしています:

> str(grd)
Formal class 'SpatialPolygonsDataFrame' [package "sp"] with 5 slots
  ..@ data       :'data.frame': 40680 obs. of  12 variables:
  .. ..$ ID        : int [1:40680] 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 ...
  .. ..$ X_COORD   : num [1:40680] -180 -178 -178 -176 -176 ...
  .. ..$ Y_COORD   : num [1:40680] 79.1 79.1 79.1 79.1 79.1 ...
  .. ..$ ID_1      : Factor w/ 13713 levels "10","10000","10001",..: NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
  .. ..$ grdID     : int [1:40680] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
  .. ..$ ROW       : int [1:40680] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  .. ..$ COL       : int [1:40680] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
  .. ..$ AREA      : num [1:40680] 12364 12364 12364 12364 12364 ...
  .. ..$ PERIMETER : num [1:40680] 445 445 445 445 445 ...
  .. ..$ MAJORITY  : int [1:40680] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
  .. ..$ PROP0_0062: num [1:40680] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
  .. ..$ AREA_KM2  : num [1:40680] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
  .. ..- attr(*, "data_types")= chr [1:12] "N" "N" "N" "C" ...
  ..@ polygons   :List of 40680
  .. ..$ :Formal class 'Polygons' [package "sp"] with 5 slots
  .. .. .. ..@ Polygons :List of 1
  .. .. .. .. ..$ :Formal class 'Polygon' [package "sp"] with 5 slots
  .. .. .. .. .. .. ..@ labpt  : num [1:2] -179.5 79.1
  .. .. .. .. .. .. ..@ area   : num 5.3
  .. .. .. .. .. .. ..@ hole   : logi FALSE
  .. .. .. .. .. .. ..@ ringDir: int 1
  .. .. .. .. .. .. ..@ coords : num [1:13, 1:2] -179 -180 -180 -180 -180 ...
  .. .. .. ..@ plotOrder: int 1
  .. .. .. ..@ labpt    : num [1:2] -179.5 79.1

... 等々。

私はRoger Bivandからこの助けを見つけました。これは3つの問題のあるファイルのうちの2 つのために働いていました:

>slot(shape.input, "polygons") <- lapply(slot(shape.input, "polygons"), checkPolygonsHoles)
>range.grd.overlay <- grd[!is.na(over(grd, range)), ]@data$grdID # get gridcells of that overlay with range polygon

3番目のファイルでは修正が機能しませんでした。 私が最終的にEscを押すまで、Rはフリーズします。その後、空間オーバーレイを作成しようとするときに同じエラーメッセージが表示されます。

 Error in createPolygonsComment(p) : 
   rgeos_PolyCreateComment: orphaned hole, cannot find containing polygon for hole at index 13




polygon